Считается, что традиция Дня покаяния и молитвы связана с библейской притче о пророке Ионе, которого Бог дважды посылал в город Ниневию для возвещения о скорой гибели. В первый раз Иона ослушался веления Господа и отправился в плавание в Фарсис, после чего на корабль, на котором плыл Иона, налетела сильная буря.
Когда корабельщики бросили жребий, чтобы узнать, чьи грехи прогневили Бога, жребий пал на Иону, и тот сознался в своем грехе неповиновения и попросил бросить его в море. Пророка, по велению Божию, проглотил кит, и Иона стал молиться Богу о спасении. Он услышал молитвы и повелел киту выпустить Иону. После этого Господь еще раз повелел Ионе идти в Ниневию, и на этот раз пророк послушался.
Иона в Ниневии стал проповедовать о том, что скоро город будет разрушен. Ниневийский царь и жители города раскаялись в своей нечестивости, после чего блюли 40-дневный пост. Господь простил их и не стал разрушать город.
В память об этом библейском событии День покаяния и молитвы в Германии впервые стали отмечать в XVI веке, когда началась Турецкая война. Правда, сначала в стране не было единой даты празднования, и только уже в ХХ веке, в 1983 году, День покаяния и молитвы официально стали отмечать в среду перед последним воскресеньем протестантского литургического года, или за 11 дней до первого воскресенья Адвента.
В настоящее время День покаяния и молитвы празднуется не только в Германии, где в некоторых землях он является официальным государственным праздником, но также и в других странах, преимущественно немецкоязычных. Традиция отмечать подобный день уходит корнями к Средневековью, когда духовенство призывало население устраивать всеобщие «дни искупления» для избавления от бедствий.
Сегодня праздник приобрел более личный характер: верующие размышляют в День покаяния и молитвы о собственной греховности, усиленно молятся о прощении. Кроме того, во многих приходах в этот день проводятся богослужения, а в школах могут проходить постановки небольших пьес, посвященных библейским историям о покаянии.