Согласно японской нумерологии, числа три, пять и семь являются счастливыми. Праздник Сити-го-сан возник в период Хэйан (794—1185 гг.) и окончательно утвердился в период Камакура (1185—1333 гг.), когда в Японии очень высок был уровень детской смертности. Поэтому важные критические временные вехи, прохождение которых повышало шансы ребенка дожить до совершеннолетия, отмечались особо.
Сейчас Сити-го-сан отмечают трех- и пятилетние мальчики и трех- и семилетние девочки. В эпоху Мейдзи мальчики в пять лет впервые надевали хакаму, а девочки в семь лет впервые вместо веревки повязывали на кимоно традиционный пояс оби. Для японских детей этот праздник — важная стадия взросления.
Такак как Сити-го-сан не имеет статуса выходного, отмечают его в ближайший к 15 ноября уик-энд (а на острове Хоккайдо — 15 октября из-за холодного климата). Родители одевают детей в праздничные одежды и посещают вместе с ними синтоистские храмы, где просят для детей здоровья и долгой жизни. Также принято дарить детям особые конфеты — титосэ амэ — символизирующие здоровьте, выносливость, мудрость и долголетие.