Химические войска Армении приняли эстафету у химических войск советской армии после провозглашения Арменией независимости. Необходимость в химических войсках возникла во время Первой мировой войны, когда во время боевых действий впервые начали применять отравляющие вещества и огнеметы для газобаллонных атак, газометных обстрелов и огнеметания.
Химические войска в Красной армии начали складываться к концу 1918 года. Официальная дата создания Химической службы РККА — 13 ноября 1918 года. К началу Великой Отечественной войны уже были заложены основы современных химических войск. С появлением биологического и ядерного оружия задачи химических войск также стали включать защиту от бактериальных и радиоактивных средств.
После распада СССР в Армении началось формирование собственных вооруженных сил, в том числе и химических войск. В 1993 году Армения подписала «Конвенцию о запрещении разработки, производства, накопления и применения химического оружия и его уничтожении».