3 сентября 1991 года президент Молдавии подписал Указ «Об образовании Вооруженных сил». Подписание этого указа стала первым этапом образования Национальной армии Республики Молдова как независимого государства.
14 ноября 1991 года военные городки, базы, техника, вооружение, средства передвижения и прочее имущество, принадлежавшее дислоцирующимся на территории республики частям Советской армии, были объявлены собственностью правительства Молдавии.
В 1994 году была принята Конституция Республики Молдова. Согласно основному закону страны и Концепции национальной безопасности, на вооруженные силы была возложена обязанность обеспечивать военную безопасность Молдавии. «Военная доктрина Республики Молдова» была разработана и опубликована в 1995 году, а процесс создания военных структур ВС был полностью завершен к 1997 году.
В состав Вооруженных сил Республики Молдова входят сухопутные войска, насчитывающие около 5700 человек, и военно-воздушные силы.