Национальный банк Молдовы был основан 4 июня 1991 года. В том же году было принято банковское законодательство. Эти два события послужили основой для создания национальной банковской системы независимой Республики Молдова, которая начала складываться в 1993 году.
29 ноября 1993 года Национальный банк Молдовы ввел в обращение национальную молдавскую валюту — молдавский лей. Создание нацбанка помогло приостановить инфляцию и стабилизировать курс национальной валюты в стране.
В 1995 году парламентом республики был принят Закон о Национальном банке Молдовы, а также был принят Закон о финансовых учреждениях. Согласно этим законам, Национальный банк Молдовы был объявлен независимым в своей деятельности и ответственен перед парламентом государства.
Национальный банк Молдовы с 1998 года отказался от практики установления официального обменного курса национальной валюты к доллару США. А с 2004 года в стране была создана система гарантирования депозитов, которая в итоге покрыла около 90% вкладов физлиц. Далее нацбанк и банковская система страны в целом продолжили развиваться, чтобы оказывать платежные услуги населению и предприятиям на высоком уровне.
Ныне основная задача Национального банка Молдовы — обеспечение и поддержание стабильности цен, а также развитие и поддержание финансовой системы, основанной на рыночных принципах, и содействие общей экономической политике государства.
Национальный банк Молдовы составляет первый уровень банковской системы государства, а второй уровень состоит из коммерческих банков, которых в стране насчитывается около 15. Более 50% банковских активов принадлежит четырем крупнейшим банкам, которые были госбанками до приватизации в 1994—1995 гг.
В свой профессиональный праздник все банковские служащие Молдовы принимают поздравления от представителей властей, коллег и клиентов. Наиболее отличившиеся сотрудники принимают от руководства благодарности, грамоты, ценные подарки и денежные премии.