Первые европейцы появились на территории Панамы в 1501 году. В течение трех столетий Панама была частью испанской колониальной империи. В 1821 году Панама провозгласила свою независимость от Испании и вошла в состав Великой Колумбии, основанной за два года до этого благодаря усилиям Симона Боливара (именно благодаря помощи Великой Колумбии Панаме удалось добиться независимости от Испании).
Однако в Великой Колумбии существовали внутренние противоречия: многие политики не поддерживали идею Боливара о создании единого латиноамериканского государства. Панама находилась в составе Великой Колумбии дольше многих других стран.
Независимость Панамы от Великой Колумбии была провозглашена 3 ноября 1903 года по инициативе и при поддержке США. В обмен на поддержку Соединенных Штатов Панама согласилась передать им права на окончание строительства и дальнейшую эксплуатацию Панамского канала.
Кстати, так как Панама вышла из состава Великой Колумбии позже других стран, в ее флаге отсутствует колумбийский триколор (желтый, синий и красный).